Figura 1 - a, Perfiles genómicos con experimentos de ChIP-seq de p63, H3K27ac, H3K4me1 y H3K4me3, y ATAC-seq en embriones de pez cebra en estadios 80% epibolia y 24 hpf. b, Experimentos de HiChIP de H3K4me3 en embriones silvestres y mutantes ctcf en estadio 48 hpf. Se muestran debajo experimentos de ChIP-seq de CTCF, RNA-seq y las interacciones de HiChIP determinadas computacionalmente

Durante el desarrollo embrionario animal, la expresión génica tiene que regularse muy estrictamente en espacio y tiempo para generar la variedad de tipos celulares que componen los tejidos animales. El objetivo de nuestra línea de investigación es esclarecer la relación entre la estructura 3D del genoma y la regulación génica durante las decisiones de destino celular que ocurren en el desarrollo embrionario. Estamos interesados en conocer el papel que juegan los factores de transcripción especificadores de linaje y su conexión con la dinámica de interacciones entre enhancers y promotores.

Utilizando el pez cebra como sistema modelo principal, combinamos técnicas de vanguardia de captura de conformación cromosómica, transcriptómica, epigenómica (ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq, HiC, HiChIP, UMI-4C) y tecnologías de célula única con estudios funcionales utilizando sistemas CRISPR-Cas, para comprender estos procesos en un contexto in vivo y sus implicaciones para las enfermedades genéticas humanas.

*Autores de correspondencia.