Resumen

Durante el desarrollo embrionario animal, la expresión génica tiene que regularse muy estrictamente en espacio y tiempo para generar la variedad de tipos celulares que componen los tejidos animales. El objetivo de nuestra línea de investigación es esclarecer la relación entre la estructura 3D del genoma y la regulación génica durante las decisiones de destino celular que ocurren en el desarrollo embrionario. Estamos interesados en conocer el papel que juegan los factores de transcripción especificadores de linaje y su conexión con la dinámica de interacciones entre enhancers y promotores.

Utilizando el pez cebra como sistema modelo principal, combinamos técnicas de vanguardia de captura de conformación cromosómica, transcriptómica, epigenómica (ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq, HiC, HiChIP, UMI-4C) y tecnologías de célula única con estudios funcionales utilizando sistemas CRISPR-Cas, para comprender estos procesos en un contexto in vivo y sus implicaciones para las enfermedades genéticas humanas.

Cinco publicaciones relevantes

Franke M, De la Calle-Mustienes E, Neto A, Almuedo-Castillo M, Irastorza-Azcárate I, Acemel RD, Tena JJ, Santos-Pereira JM* and Gómez-Skarmeta JL. 2021. CTCF knockout in zebrafish induces alterations in regulatory landscapes and developmental gene expression. Nature Communications 12:5415. Más

Tena JJ* and Santos-Pereira JM*. 2021. Topologically Associating Domains and Regulatory Landscapes in Development, Evolution and Disease. Frontiers in Cell and Developmental Biology 9:702787. Más

Santos-Pereira JM and Aguilera A*. 2015. R loops: new modulators of genome dynamics and function. Nature Reviews Genetics 16:583-597. Más

Santos-Pereira JM, Gallardo-Fuentes L, Neto A, Acemel RD, and Tena JJ*. 2019. Pioneer and repressive functions of p63 during zebrafish embryonic ectoderm specification. Nature Communications 10:3049. Más

Moreno-Oñate M, Gallardo-Fuentes L, Martínez-García PM, Naranjo S, Jiménez-Gancedo S, Tena JJ and Santos-Pereira JM*. Rewiring of the epigenome and chromatin architecture by exogenously induced retinoic acid signaling during zebrafish embryonic development. Nucleic Acids Res. 2024 Feb 7:gkae065. Más

*Autores de correspondencia.

Componentes del grupo

Colaboradores

Ángel Barco. Instituto de Neurociencias, Alicante

Alfonso Fernández Álvarez. IBFG, Salamanca

Patricia Ybot González. IBIS, Sevilla

Miguel Ángel Moreno Mateos. CABD, Sevilla

Rafael D. Acemel. CABD, Sevilla

Tatjana Sauka-Spengler. Universidad de Oxford, Reino Unido

Nacho Maeso. Universidad de Barcelona

José C. Reyes. CABIMER, Sevilla

Sandra Muñoz. IBIS, Sevilla

Juan J. Tena. CABD, Sevilla

Martin Franke. CABD, Sevilla

Darío Lupiáñez. CABD, Sevilla

Juan R. Martínez Morales. CABD, Sevilla